Scénariste, réalisatrice et productrice, Marquise Lepage s'impose auprès de la critique et du public dès la sortie de son premier film, Marie s'en va-t-en ville, en 1987. Ce long métrage de fiction, narrant la rencontre d'une fugueuse et d'une prostituée vieillissante, est présenté dans une douzaine de festivals internationaux et récolte quatre nominations aux prix Génie ainsi que le Prix du meilleur film étranger au Festival de Belfort (France).

Deux ans plus tard, son documentaire Un soleil entre deux nuages, qui illustre le courage d'enfants atteints de maladies incurables, reçoit un accueil tout aussi chaleureux. Largement diffusé, il remporte le prix Gémeaux du meilleur montage, le Prix du jury œcuménique du Festival de Nyon (Suisse) et le Grand prix des bibliothèques de France au Festival du réel (Paris).

En poste à l'Office national du film de 1991 à 1994, Marquise Lepage tourne successivement Dans ton pays (1992), court métrage de fiction sur les préjugés raciaux, Mon Amérique à moi (1993), documentaire sur le voyage et les rêves, et La fête des Rois (1994), long métrage de fiction sur la famille moderne qui connaît beaucoup de succès auprès du public et de la critique.

Lancé à l'occasion du centenaire du cinéma, Le jardin oublié -- La vie et l'œuvre d'Alice Guy-Blaché (1995), documentaire en hommage à la première femme cinéaste, est sélectionné par plusieurs festivals internationaux et récompensé par plusieurs prix, dont le Gémeaux du meilleur documentaire d'auteur.

En 1997, elle est réalisatrice pour la série La courte échelle, qui reçoit le prix Gémeaux de la meilleure série pour enfants à la télévision. L'année suivante, le court métrage de fiction Pour la vie remporte le prix du meilleur document de prévention en santé décerné par le Festival international du multimédia et de la vidéo santé (Canada).

La sobriété, la justesse de ton et une extrême sensibilité dans le traitement des sujets caractérisent tous les films de Marquise Lepage. En 1999, son documentaire Des marelles et des petites filles..., portraits bouleversants de fillettes vivant en Inde, en Thaïlande, au Yémen, au Pérou, au Burkina Faso et en Haïti, remporte plusieurs prix dans des festivals internationaux. Le film est présenté aux Nations Unies à New York dans le cadre de la rencontre Bejing Plus Five, en août 2000, et par l'Unesco à Paris, en novembre 2000.

Quelques années plus tard, soit à l'automne 2008, le pendant masculin de ce documentaire, Des billes, des ballons et des garçons, montre les conditions de vie des garçons un peu partout dans le monde.

Au cours des années 2000, Marquise Lepage signe plusieurs productions pour la télévision, entre autres : la période allant de 1959 à 1973 de Histoire du Canada (Une histoire populaire) (2002); Ma vie c'est le théâtre (2004); Par tous les seins (2005); Le Rouge et le Noir... Au service du Blanc, L'esclavage en Nouvelle-France (2005); Les délateurs (2005); Jacques Parizeau, l'homme derrière le complet (2006); Vive les fêtes! (2007). Martha qui vient du froid (2008) est sa toute dernière réalisation à l'ONF.

Très active dans la communauté cinématographique, Marquise Lepage a notamment été présidente de l'Association des réalisateurs et réalisatrices du Québec (ARRQ). Elle siège actuellement au conseil d'administration de l'Académie canadienne du cinéma et de la télévision. Outre les nombreux prix qu'elle a reçus pour ses œuvres, elle a été nommée Artiste pour la paix en 1999.

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