Cynthia Scott étudie en philosophie et en littérature anglaise à l'University of Manitoba. À la fin de ses études, en 1959, elle agit comme scripte à la télévision nationale, à Winnipeg. Entre 1961 et 1963, elle se partage entre l'Europe, où elle voyage, et le Manitoba Theatre Centre, où elle travaille comme seconde assistante. Finalement, Cynthia Scott entre à la Canadian Broadcasting Corporation, dans les bureaux de Londres, en Angleterre. Elle y travaille comme recherchiste avant de rentrer au Canada en 1965, pour prendre un poste de productrice-réalisatrice sur l'émission Take Thirty. Elle y restera sept ans et travaillera à plusieurs émissions.

En 1972, la CBC lui permet de réaliser Une terre ingrate - Roch Carrier se souvient de Sainte-Justine, dans la série Adieu Alouette. Ce premier court métrage lui vaudra un prix au Festival du film canadien à Montréal.

Peu de temps après, l'ONF l'embauche comme employée permanente. Jusqu'aux années quatre-vingt, Scott va se partager entre la réalisation et la production de documentaires qui tournent autour des individus ou des collectivités dans diverses régions du Canada.
Son amour de la danse la conduira à réaliser trois films avec des danseurs: For The Love of Dance (1981), Gala (1982) et Flamenco à 5 h 15, lauréat d'un Oscar® , en 1984.

Entretemps, elle aura fait la recheche et la scénarisation de First Winter, avec Gloria Demers. Ce film, réalisé par John N. Smith, a été nominé pour les Oscars®, en 1982, dans la catégorie court métrage de fiction.

En 1986, Scott réalise son premier film de fiction, Jack of Hearts, un court métrage inspiré d'une nouvelle humoristique de Isabel Huggen, dont l'action se déroule également dans le milieu de la danse. Ce film remportera le Deuxième prix au Chicago International Film Festival of Children's Films, en 1986.

Malgré tous les succès et les prix remportés par ses précédents films, c'est Le Fabuleux Gang des sept (The Company of Strangers), en 1990, qui fera le plus pour sa renommée. Ovationné au Festival de Venise, il connaît un succès retentissant aux États-Unis et au Canada, où il tient l'affiche d'un théâtre de Toronto pendant cinq mois. En 1994, ses recettes brutes à l'extérieur du Canada dépasseront les quatre millions de dollars.

Les films de Cynthia Scott remporteront plusieurs prix. Quant à elle, elle recevra le Prix Alberta-Québec 1991, ex-aequo avec Marcel Simard.

Cynthia Scott travaille présentement à l'adaptation cinématographique de The Stone Diaries.