Né à Montréal, Yves Bisaillon est diplômé en urbanisme de l'Université de Montréal et en communications de l'Université du Québec à Montréal. Journaliste à Radio-Canada à la fin des années 1980, il devient ensuite animateur et réalisateur d'émissions éducatives à la chaîne française de TV Ontario de 1990 à 1992. De 1992 à 1995, il est collaborateur aux réseaux régional et national de la Société Radio-Canada (SRC), où il réalise plusieurs documentaires télé pour des émissions telles que Second Regard et Objectif Ontario, dont l'un lui vaut un prix Gémeaux en 1993, et l'autre, une nomination en 1994. Toujours pour la SRC, il réalise aussi une cinquantaine de reportages dans le domaine des arts et de la culture.

Comme cinéaste, on lui doit les documentaires Le Cri du silence sur le poète et dramaturge Jean-Marc Dalpé,  Il était deux fois une élection, produit à l'Office national du film (ONF), ainsi que la coproduction Le Quatuor de l'exil, prix Unesco au festival Vues d'Afrique en 1995 et sélectionné au Festival de Namur, de même que la série Au-delà de l'image, réalisée en 1997 pour Radio-Canada.

Yves Bisaillon entre comme producteur à l'ONF en 1997. On lui doit notamment les productions suivantes : Enfer et contre tous, French Kiss - La génération du rêve Trudeau (prix Génie du meilleur long métrage documentaire et meilleur premier long métrage au Festival international du film de Toronto, en 1999), Claude Jutra, portrait sur film (2002) qui a remporté en 2003 un prix Gémeaux et trois prix Gemini. Plus récemment, il produisait, entre autres, Raymond Klibansky - De la philosophie à la vie (prix Téléfilm Canada pour la meilleure œuvre canadienne), Les Justes (prix Claude Jutra pour le meilleur espoir de l'année), Le fil cassé, Le Cabinet du docteur Ferron, La Cueca Sola (mention spéciale au Rendez-vous du cinéma québécois, prix de la meilleure réalisation et prix du meilleur documentaire à Hot Docs, en 2004), Ce qu'il reste de nous (sélectionné à la Semaine de la critique à Cannes, en 2004, Meilleur documentaire Jutra 2005) ainsi que 7 km² d'infini (mention d'honneur à Hot Docs, en 2004), Mon fils sera arménien, Soraida, une femme de Palestine. Plus récemment, il a produit le controversé Médecine sous influence, Qui a tiré sur mon frère? (Prix du public, Festival du nouveau cinéma de Montréal) et Au nom de la mère et du fils (Prix AQCC/Claude-Jutra de la relève).